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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
01/03/2013 |
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Data da última atualização: |
01/03/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PAZIANOTTO, R. A. A.; MAIA, A. de H. N.; LUIZ, A. J. B.; PRADO, J. S. M. |
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Afiliação: |
RICARDO ANTONIO ALMEIDA PAZIANOTTO, CNPMA; ALINE DE HOLANDA NUNES MAIA, CNPMA; ALFREDO JOSE BARRETO LUIZ, CNPMA; JEANNE SCARDINI MARINHO PRADO, CNPMA. |
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Título: |
Programa R para inferência sobre parâmetros populacionais de artrópodes. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO ANUAL DA REGIÃO BRASILEIRA DA SOCIEDADE INTERNACIONAL DE BIOMETRIA, 57., 2012, Piracicaba. Anais... Piracicaba: ESALQ, 2012. p. 326-330. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Parâmetros populacionais são importantes indicadores em estudos envolvendo a interação entre artrópodes e o meio ambiente, como, por exemplo: quantificação de efeitos de concentrações de produtos (MARINHO-PRADO et al., 2011), avaliação de risco ambiental do uso de biopesticidas (NASCIMENTO et al., 1998), culturas transgênicas sobre insetos não-alvo (LIU et al, 2005). Nesses estudos, são realizados experimentos onde dados de oviposição e sobrevivência são coletados, ao longo do tempo, e condensados em tabelas de vida e fertilidade (TBVF) para posterior estimação dos parâmetros: taxa líquida de reprodução (Ro), taxa intrínseca de crescimento (Rm), tempo de duplicação (TD), intervalo entre gerações (TMG) e razão finita de crescimento (_), para cada um dos tratamentos avaliados. Os parâmetros da TBVF são estimados para cada grupo (tratamento) e não para cada fêmea o que impossibilita a estimação da variância via métodos tradicionais. Uma abordagem largamente utilizada para quantificar a incerteza associada a esses parâmetros é o método jackknife, onde cada parâmetro em questão é recalculado retirando-se do conjunto de dados, as informações de uma fêmea a cada iteração (MEYER, 1986). Os pseudovalores, estimativas obtidas a cada iteração, são então usados na estimação da variância, informação necessária para construção de intervalos de confiança, realização de testes para comparação de tratamentos qualitativos ou ainda ajuste de modelos de regressão para avaliar o efeito de níveis de tratamentos quantitativos (ex. doses subletais de produtos) sobre os parâmetros da TBVF. HULTING et al (1990) desenvolveram um programa em linguagem Fortran para obter estimativas jackknife de Ro, Rm, DT, TMD e _, intervalo de confiança para o Rm, e testes para comparar grupos quanto ao Rm. Esse programa, no entanto, apresenta algumas limitações tais como: a) considera a sobrevivência na fase imatura igual para todos os grupos; b) o algoritmo para estimar a porcentagem de fêmeas na descendência não é adequado para casos onde algumadas fêmeas de quaisquer dos grupos avaliados tem postura zero durante todo o período de avaliação e c) não calcula os níveis de significância nominal (valores p) associados aos testes de comparação de grupos. Face a essas limitações, Maia et al (2000) desenvolveram um programa alternativo em ambiente SAS (Lifetable.sas, disponível em http://www.cnpma.embrapa.br/forms/sastat.php3) para estimação de parâmetros da TBVF e comparação entre tratamentos qualitativos. No presente trabalho, é apresentada uma versão do referido programa SAS, em linguagem R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010), acrescida das seguintes inovações: a) uso do método iterativo de Brent para estimação do Rm, ao invés da busca entre valores pontuais num intervalo arbritário em torno Rm, estimado pelo método aproximado, b) um módulo para testes de comparação múltipla e c) um módulo para ajuste de modelos de regressão linear quando os tratamentos são quantitativos, incluindo diagnósticos de resíduos e análise de influência. O programa em R é mais acessível aos usuários potenciais por tratar-se de um software livre de código aberto. Para demonstração da utilidade do programa e interpretação das análises descritivas e inferenciais implementadas, é apresentado um estudo de caso onde se avalia o efeito de concentrações de berenil, um inibidor de proteases, sobre parâmetros populacionais de Thyrinteina arnobia (Stoll) (Lepidoptera: Geometridae), lagarta desfolhadora da cultura do eucalipto (MARINHO-PRADO et al., 2011). MenosParâmetros populacionais são importantes indicadores em estudos envolvendo a interação entre artrópodes e o meio ambiente, como, por exemplo: quantificação de efeitos de concentrações de produtos (MARINHO-PRADO et al., 2011), avaliação de risco ambiental do uso de biopesticidas (NASCIMENTO et al., 1998), culturas transgênicas sobre insetos não-alvo (LIU et al, 2005). Nesses estudos, são realizados experimentos onde dados de oviposição e sobrevivência são coletados, ao longo do tempo, e condensados em tabelas de vida e fertilidade (TBVF) para posterior estimação dos parâmetros: taxa líquida de reprodução (Ro), taxa intrínseca de crescimento (Rm), tempo de duplicação (TD), intervalo entre gerações (TMG) e razão finita de crescimento (_), para cada um dos tratamentos avaliados. Os parâmetros da TBVF são estimados para cada grupo (tratamento) e não para cada fêmea o que impossibilita a estimação da variância via métodos tradicionais. Uma abordagem largamente utilizada para quantificar a incerteza associada a esses parâmetros é o método jackknife, onde cada parâmetro em questão é recalculado retirando-se do conjunto de dados, as informações de uma fêmea a cada iteração (MEYER, 1986). Os pseudovalores, estimativas obtidas a cada iteração, são então usados na estimação da variância, informação necessária para construção de intervalos de confiança, realização de testes para comparação de tratamentos qualitativos ou ainda ajuste de modelos de regressão para avaliar o efeito de níveis... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Artrópode. |
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Thesagro: |
Entomologia; Estatística agrícola; Programa de computador. |
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Categoria do assunto: |
O Insetos e Entomologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/77802/1/2012AA92.pdf
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Marc: |
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520 $aParâmetros populacionais são importantes indicadores em estudos envolvendo a interação entre artrópodes e o meio ambiente, como, por exemplo: quantificação de efeitos de concentrações de produtos (MARINHO-PRADO et al., 2011), avaliação de risco ambiental do uso de biopesticidas (NASCIMENTO et al., 1998), culturas transgênicas sobre insetos não-alvo (LIU et al, 2005). Nesses estudos, são realizados experimentos onde dados de oviposição e sobrevivência são coletados, ao longo do tempo, e condensados em tabelas de vida e fertilidade (TBVF) para posterior estimação dos parâmetros: taxa líquida de reprodução (Ro), taxa intrínseca de crescimento (Rm), tempo de duplicação (TD), intervalo entre gerações (TMG) e razão finita de crescimento (_), para cada um dos tratamentos avaliados. Os parâmetros da TBVF são estimados para cada grupo (tratamento) e não para cada fêmea o que impossibilita a estimação da variância via métodos tradicionais. Uma abordagem largamente utilizada para quantificar a incerteza associada a esses parâmetros é o método jackknife, onde cada parâmetro em questão é recalculado retirando-se do conjunto de dados, as informações de uma fêmea a cada iteração (MEYER, 1986). Os pseudovalores, estimativas obtidas a cada iteração, são então usados na estimação da variância, informação necessária para construção de intervalos de confiança, realização de testes para comparação de tratamentos qualitativos ou ainda ajuste de modelos de regressão para avaliar o efeito de níveis de tratamentos quantitativos (ex. doses subletais de produtos) sobre os parâmetros da TBVF. HULTING et al (1990) desenvolveram um programa em linguagem Fortran para obter estimativas jackknife de Ro, Rm, DT, TMD e _, intervalo de confiança para o Rm, e testes para comparar grupos quanto ao Rm. Esse programa, no entanto, apresenta algumas limitações tais como: a) considera a sobrevivência na fase imatura igual para todos os grupos; b) o algoritmo para estimar a porcentagem de fêmeas na descendência não é adequado para casos onde algumadas fêmeas de quaisquer dos grupos avaliados tem postura zero durante todo o período de avaliação e c) não calcula os níveis de significância nominal (valores p) associados aos testes de comparação de grupos. Face a essas limitações, Maia et al (2000) desenvolveram um programa alternativo em ambiente SAS (Lifetable.sas, disponível em http://www.cnpma.embrapa.br/forms/sastat.php3) para estimação de parâmetros da TBVF e comparação entre tratamentos qualitativos. No presente trabalho, é apresentada uma versão do referido programa SAS, em linguagem R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010), acrescida das seguintes inovações: a) uso do método iterativo de Brent para estimação do Rm, ao invés da busca entre valores pontuais num intervalo arbritário em torno Rm, estimado pelo método aproximado, b) um módulo para testes de comparação múltipla e c) um módulo para ajuste de modelos de regressão linear quando os tratamentos são quantitativos, incluindo diagnósticos de resíduos e análise de influência. O programa em R é mais acessível aos usuários potenciais por tratar-se de um software livre de código aberto. Para demonstração da utilidade do programa e interpretação das análises descritivas e inferenciais implementadas, é apresentado um estudo de caso onde se avalia o efeito de concentrações de berenil, um inibidor de proteases, sobre parâmetros populacionais de Thyrinteina arnobia (Stoll) (Lepidoptera: Geometridae), lagarta desfolhadora da cultura do eucalipto (MARINHO-PRADO et al., 2011).
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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| Registros recuperados : 11 | |
| 4. |  | ROCHA, B. H. G.; AUGUSTIN, E.; SILVA, J. B. da; VIEGAS, J. Isoenzymatic variability in wild potatoes. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 36, n. 5, p. 781-91, maio 2001 Título em português: Variabilidade isoenzimática em batata silvestre.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 5. | | SENNA CORRÊA, M. G.; VIÉGAS, J.; ROSA, P. S. da; GONÇALVES, D. O.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; BRAMMER, S. P. Análise meiótica e da viabilidade do pólen de genótipos sul-brasileiros de triticale hexaplóide. In: SIMPÓSIO LATINOAMERICANO DE CITOGENÉTICA Y EVOLUCIÓN, 2., 2007, Palmira, Colombia. La biodiversidad latinoamericana en el contexto de la citogenética y la evolución: memorias. Palmira: Universidad Nacional de Colombia, 2007. p. 210-215.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 6. | | SALAMONI, A. T.; PEREIRA, A. da S.; VIEGAS, J.; CAMPOS, A. D.; CHALA, C. S. de A. Variância genética de açúcares redutores e matéria seca e suas correlações com características agronômicas em batata. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 35, n. 7, p. 1441-45, jul. 2000. Título em inglês: Variance of genetic reducing sugars and dry matter and their correlations with agronomic traits in potatoes.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 7. | | MEINERZ, G. R.; OLIVO, C. J.; FONTANELI, R. S.; AGNOLIN, C. A.; FONTANELI, R. S.; HORST, T.; VIÉGAS, J.; BEM, C. M. de. Valor nutritivo da forragem de genótipos de cereais de inverno de duplo propósito. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, v. 40, n. 6, p. 1173-1180, jun. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 8. | | GUISSO, A. P.; VIÉGAS, J.; NASCIMENTO JUNIOR, A. do; CORRÊA, M. G. S.; VAZ DE ÁVILA, P. F.; BRAMMER, S. P.; ALBUQUERQUE, A. C. S. Mitotic analysis of triticale, wheat and rye. In: INTERNATIONAL TRITICALE SYMPOSIUM, 6., 2006, Stellenbosch, South Africa. Proceedings... Stellenbosch: Stellenbosch University, Plant Breeding Laboratory: International Triticale Association, 2006. p. 127-128.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 9. | | MEINERZ, G. R.; OLIVO, C. J.; VIÉGAS, J.; NÖRNBERG, J. L.; AGNOLIN, C. A.; SCHEIBLER, R. B.; HORST, T.; FONTANELI, R. S. Silagem de cereais de inverno submetidos ao manejo de duplo propósito. Revista Brasileira de Zootecnia, Viçosa, v. 40, n. 10, p. 2097-2104, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 10. | | CASTRO, C. M.; PEREIRA, A. da S.; COSTA, D. M; CHOER, E.; AUGUSTIN, E.; GOMES, C. B.; CAMPOS, A. D.; PEDROSO, R.; GARRASTAZÚ, M. C.; BARBIERI, R. L.; MENTZ, L.; VIÉGAS, J. Wild potato genetic resources conserved in southern Brazil: current knowledge and future perspectives. Acta Horticulturae, The Hague, n. 745, p. 323-329, jun. 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | PRESTES, A. M.; HAAS, J. C.; FERNANDES, M. I. B. de M.; SILVA, S. D. dos A. e; CARDOSO, E.; GALON, G.; FASSINI, J.; SCHLEDER, M.; BONFANTE, R.; GUIDOLIN, A.; TAUNOUS, I.; BARBOSA, M. M.; BRAMMER, S. P.; STIVAL, A.; ANGRA, D.; VASCONCELLOS, N.; PANDOLFI, V.; MULLER, J. E.; D'AGOSTINI, J.; FERREIRA, A. G.; VIEGAS, J. Técnicas de biologia celular e molecular como apoio ao melhoramento de cereais de inverno no Centro Nacional de Pesquisa de Trigo/EMBRAPA. In: REUNIÃO ESTADUAL DE BIOTECNOLOGIA VEGETAL, 7., 1994, Bento Gonçalves. Programa e resumos... [Porto Alegre]: Grupo Integrado de Biotecnologia Vegetal do Rio Grande do Sul, [1994]. p. 37-38 Cont. autores: VASCONCELLOS, N.; PANDOLFI, V.; MULLER, J. E.; D'AGOSTINI, J.; FERREIRA, A. G.; VIEGAS, J.| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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